تعتبر المهام الرئيسية لقسم تنظيم الصحية (HCF) هي تلقي وتسجيل طلبات ترخيص وتشغيل مرافق المؤسسات الصحية الخاصة ، وتعديل نشاط المؤسسات الصحية المرخصة ، والموافقة على الإغلاق الجزئي أو الكلي ، والتنازل عن المنشأة الصحية . بالإضافة إلى التأكد من مدى تطبيق اشتراطات السلامة الفنية والهندسية المطلوبة قبل إصدار الموافقات النهائية للمنشآت الصحية الجديدة ، أو قبل تجديد الترخيص من خلال الزيارات التفتيشية بناءًا على قرار رقم (2) لسنة 2019 .
يعنى قسم المرافق الصحية بممارسة وظائف الهيئة فيما يتعلق بأحكام القانون رقم. رقم (21) لسنة 2015 بشأن مرافق الرعاية الصحية الخاصة والمهام التالية:
المادة (19): مسؤولية الهيئة عن تقييم الخدمات الصحية المقدمة في جميع المرافق لضمان الجودة والأداء العالي لتلك الخدمات وضمان الامتثال للوائح والمعايير المتعلقة بسلامة المرضى ، ومكافحة العدوى ، والمعايير التقنية الأخرى.
المادة (20): مسؤولية الهيئة عن التفتيش للتأكد من التزام المنشآت الصحية الخاصة بالقوانين واللوائح الصادرة .